Как сообщили в "Роскосмосе", он продолжает работу в Центре подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина (входит в Роскосмос) на должности заместителя начальника управления по отбору и подготовке космонавтов к летным и наземным испытаниям и эксплуатации пилотируемых космических аппаратов.

В отряд космонавтов Шкаплеров был зачислен 29 мая 2003 года. Впервые полетел на орбиту в 2011 году - в качестве командира космического корабля "Союз ТМА-22" и бортинженера экипажа МКС по программе 29-й и 30-й основной космической экспедиции.

Второй раз - в 2014 году в качестве командира космического корабля "Союз ТМА-15М". Третий раз стартовал а 2017 году в качестве командира космического корабля "Союз МС-07". Четверый старт состоялся в 2021 года в качестве командира космического корабля "Союз МС-19". Именно Шкаплеров доставил на МКС первый в истории космонавтики "киноэкипаж" - кинорежиссера Клима Шипенко и актрису Юлию Пересильд.

Всего в его звёздном багаже четыре космических полета общей продолжительностью 709 суток 8 часов 5 минут 25 секунд и три выхода в открытый космос суммарной длительностью 21 час 38 минут.