Проект будет реализовываться в два этапа. Первый продлится до конца 2024 года. За этот срок подготовят научные, правовые и кадровые условия для функционирования новой системы. Также сформируют методическую основу для проведения экологической трансформации отраслей экономики. В рамках второго этапа завершится формирование этих условий, и система начнет функционировать в полном объеме.

Отвечать за реализацию проекта будет Минэкономразвития совместно с федеральными органами власти, ответственными за то или иное мероприятие. В сентябре на реализацию инновационного проекта было выделено более 1,5 миллиардов рублей.